Także ten budynek kościelny, w tej chwili najważniejszy dla toruńskich katolików, ma ciekawy epizod protestancki.
„W latach 1530-1583 świętojańska fara służyła protestantom, następnie zaś przez okres 13 lat była użytkowana wspólnie, zarówno przez katolików, jak i protestantów. W okresie tym wnętrze kościoła otynkowano i pobielono, zacierając średniowieczne malowidła ścienne o tematyce religijnej. Jednocześnie, wnętrze kościoła wzbogaciło się o protestanckie epitafia.” (Wikipedia)